EnhancerAtlas 2.0: an updated resource with typical enhancer annotation in 600 tissue/cell types across nine species

EnhancerAtlas 2.0

Tag

Content

EnhancerAtlas ID

HS059-39820

Organism

Homo sapiens

Tissue/cell

GM12878

Coordinate

chr6:33007850-33008380

Target genes

Number: 20
Name	Ensembl ID

HLA	ENSG00000232629
TAP2	ENSG00000204267
XXbac	ENSG00000250264
PSMB9	ENSG00000240065
PSMB8	ENSG00000204264
TAP1	ENSG00000168394
PPP1R2P1	ENSG00000234515
AL645941.1	ENSG00000212066
BRD2	ENSG00000204256
RPL32P1	ENSG00000224796
HCG24	ENSG00000230313
RNY4P10	ENSG00000202441
SLC39A7	ENSG00000112473
RXRB	ENSG00000204231
HSD17B8	ENSG00000204228
RING1	ENSG00000204227
HCG25	ENSG00000232940
RPS18	ENSG00000231500
VPS52	ENSG00000223501
B3GALT4	ENSG00000235863

TF binding sites/motifs

Number: 21

JASPAR ID

Coordinate

Motif Sequence

Strand

-Log10(p-value)

Foxd3	MA0041.1	chr6:33007940-33007952	GTTTGTTTGTTT	+	6.32
Foxd3	MA0041.1	chr6:33007944-33007956	GTTTGTTTGTTT	+	6.32
Lhx3	MA0135.1	chr6:33008341-33008354	TATTAATTAATTA	-	6.25
Lhx3	MA0135.1	chr6:33008344-33008357	TAATTAATTAATT	+	6.78
Lhx3	MA0135.1	chr6:33008348-33008361	TAATTAATTAATT	+	6.78
Lhx3	MA0135.1	chr6:33008352-33008365	TAATTAATTAATT	+	6.78
Lhx3	MA0135.1	chr6:33008345-33008358	AATTAATTAATTA	-	6.78
Lhx3	MA0135.1	chr6:33008349-33008362	AATTAATTAATTA	-	6.78
Lhx3	MA0135.1	chr6:33008353-33008366	AATTAATTAATTT	-	6.92
PHOX2A	MA0713.1	chr6:33008360-33008371	TAATTTAATTA	+	6.62
POU6F1	MA0628.1	chr6:33008342-33008352	ATTAATTAAT	+	6.02
POU6F1	MA0628.1	chr6:33008346-33008356	ATTAATTAAT	+	6.02
POU6F1	MA0628.1	chr6:33008350-33008360	ATTAATTAAT	+	6.02
POU6F1	MA0628.1	chr6:33008354-33008364	ATTAATTAAT	+	6.02
POU6F1	MA0628.1	chr6:33008342-33008352	ATTAATTAAT	-	6.02
POU6F1	MA0628.1	chr6:33008346-33008356	ATTAATTAAT	-	6.02
POU6F1	MA0628.1	chr6:33008350-33008360	ATTAATTAAT	-	6.02
POU6F1	MA0628.1	chr6:33008354-33008364	ATTAATTAAT	-	6.02
PROP1	MA0715.1	chr6:33008360-33008371	TAATTTAATTA	-	6.32
PROP1	MA0715.1	chr6:33008360-33008371	TAATTTAATTA	+	6.62
Phox2b	MA0681.1	chr6:33008360-33008371	TAATTTAATTA	+	6.62

HEDD

Diseases: AD,Huntington,Obesity,Parkinson,Prostate cancer,Schizophrenia and Sleep disorder
Number of disease enhancers: 1
Chromosome	Start	End

chr6

33007937

33008187

Enhancer Sequence

AGTGGCTGTA CTTACTTACA TTCCAAGCAA TGGTGAATAA GAGTTCCCTT TTCTCCATAT 60
CCTTGCCAAC ACCTGTGGTT TTTTTGTTTT GTTTGTTTGT TTGTTTTGTC TTTTTCATAG 120
TAGCCATCCC AACTGGGGTA AAATGATATC TCATTGTGGT TGTTTGTTTT GCTTTTGTAG 180
TGATGGGATC TCACTACTTT GCTTAGGCTG GTCTCAAACT CCTGGCTCAA GCGATCCTCC 240
CACCTTGGCC TCTGAAAGTG TCGGCATTAC AGTCATGAGC CACTGTGGCC TGACTTCATT 300
GTGGTTTTGA TTTGCATTTC CCTGATGATT AGTAATGTTG AGCATTCTTT CATGTACCTG 360
TTGACCATTT ATATGTCTTC TTTTCTTTCT CTTGCTCTCT CTCATTTTTC TTTTCTCAAT 420
GAAGAGAACA AATGCCTGTC TTCTTTTGGG AAATGTCTGT TCATGTTCTT TGCTCATTTT 480
AAAAATGGGG TTATTAATTA ATTAATTAAT TAATTTAATT ATTTATTTTT 530